Zastosowanie samych zaledwie zmian w stylu odżywiania może nie przynieść całkowitego ustąpienia dolegliwości, dlatego leczenie farmakologiczne jest po prostu niezbędne.Już do leczenia refluksu stosuje się leki zobojętniające, H2-blokery, leki prokinetyczne a do tego inhibitory pompy protonowej.
Inhibitory pompy protonowej, np. Pantoprazol, szybciej bądź skuteczniej od H2-blokerów leczą zapalenie przełyku wywołane refluksem czy na chwilę obecną są najskuteczniejszymi lekami w terapii choroby refluksowej. Terapia trwa zazwyczaj od 6 do 8 tygodni lub może być bardzo skuteczna. Przy jej udziale można wyleczyć od 75% do 100% chorych. Inhibitor pompy protonowej wydaje się też najlepszą opcją terapeutyczną w długotrwałym leczeniu podtrzymującym. Dowiedziono, że takie leczenie może powstrzymywać nawrót choroby albo dolegliwości aż przez 5 lat. Spośród dostępnych w tej chwili Wagary na dwóch kółkach inhibitorów pompy protonowej, pantoprazol bywa najbezpieczniejszym z powodu dobrej tolerancji albo minimalnego ryzyka interakcji lękowych
Jeśli zawiodą wszystkie wspomniane wyżej metody pozostaje leczenie chirurgiczne. W jego trakcie lekarz podczas zabiegu naprawia naturalną barierę pomiędzy żołądkiem lub przełykiem czyli zwieracz dolny przełyku.